Οι βραβεύσεις του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Μετεώρων και Μουσείου Μανιταριών είναι συνεχείς. Κάθε χρόνο, προστίθενται στη συλλογή του νέα βραβεία, με αποτέλεσμα, μέχρι σήμερα, οι βραβεύσεις αυτές να φτάνουν τις 40! Αφορούν το μουσείο, τα προϊόντα και τις δράσεις του.